Provhantering

Provtyper

Biobanken norr tar emot och hanterar helblod i 10 mL, 6 mL eller 4 mL vacutainerrör. Vanligast är rör med antikoagulantia som EDTA, heparin och citrat. Serumrör utan tillsats, med eller utan gel, är också vanliga.

Alikvotering och infrysning görs även på provtyper som urin, bröstmjölk, faeces, ascitesvätska och saliv.

Centrifugering och alikvotering

Helblodsrör centrifugeras och plasma, serum, buffy coat och erytrocyter alikvoteras med Hamilton vätskehanteringsrobot till 0,7 mL eller 1,8 mL FluidX-vialer för infrysning vid -80˚C. Vid uttag levereras prov i rör eller SBS-plattor (96 prov/platta) till forskare.

DNA-extraktion

DNA extraheras från buffy coat eller saliv. Extraktion av helblod och buffy coat görs dels manuellt med ett extraktionskit, FlexiGene från Qiagen, och dels med att automatiserat Tecan/Promegasystem. DNA-koncentration mäts genom UV-absorption vid 260 nm och med 260/280 absorbanskvot för kontroll av renhet. DNA lagras i -80˚C i 0,7 mL eller 1,8 mL FluidX kryovialer.

Vävnadsklossar snittas till glas och rör för DNA-extraktion. Vid önskemål utförs även extraktion av DNA från vävnaden.

DNA-normalisering

DNA normaliseras efter rening till en bestämd koncentration, vanligtvis 100 ug/mL. DNA levereras i SBS-plattor (96 prov/platta) eller i rör till forskare.

Nya vävnadssnitt från kloss/TMA

Vävnadsklossar snittas till glas för t ex rutinfärgning och/eller IMH-färgning. Om TMA önskas tillverkas en kloss med stansar från vilken nya snitt kan beställas.

Automatiserad biobankning av prov från vätskebaserad cytologi

Cytologibiobankning sker när resultatet av det gynekologiska cellprovet har besvarats ut till klinik. Den automatiserade metoden bygger på att cellerna från provburken får sedimentera i två omgångar för att i en koncentrerad lösning överföras till Micronics kryovialer i 96-hålsplatta.